항생제 치료는 먹는 것으로도 끝날 수 있으나, 정도에 따라 병실에 입원을 한 뒤 수액을 통해 항생제를 투여하기도 한다. 보통 처음에는 페니실린 계열의 항생제를 사용해 감염의 치료가 되는지 반응을 보고 만약 항생제에 내성이 보인다면 여러가지 항생제를 섞어서 투여한다.
요즘은 무분별한 항생제 남용으로 기본 항생제가 잘 듣지 않는 경우가 많기에 항생제 선택이 쉽지가 않은 실정이다.
페니실린의 경우 얼마되지 않아 그 약에 내성을 갖는 포도상구균이 등장했다. 이에 1943년 스트렙토마이신에 이어 1960년대 반합성 페니실린(메티실린)이 개발돼 내성 포도상구균 감염증에 사용됐다. 하지만 1970년대 또 다시 메티실린에 내성을 보이는 포도상구균이 출연했는데, 이 포도상구균을 MRSA(Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus)라 한다.
그리고 이 내성균에 대응하도록 개발된 항생제가 반코마이신이다. 하지만 1997년 5월 일본에 이어 1998년 국내에서도 반코마이신에 부분적 내성을 보이는 포도상구균 VISA(Vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus)이 등장했으며, 2002년 미국에서는 초강력 항생제인 반코마이신을 완전히 무력화시키는 포도상구균 VRSA(Vancomycin-Resistant Staphylococcus aureus)이 세계 최초로 나타나 충격을 안겼다.
한편, 항생제를 오·남용하면 항생제 내성률이 높아지게 되는데, 내성률 84%라는 것은 100만 마리의 세균에 페니실린을 투여할 경우 84마리의 세균이 살아남는다는 뜻이다.
아시아권은 전 세계적으로 항생제 내성이 다른 지역에 비해 월등히 높은 지역에 속하는데, 특히 한국의 항생제 내성률은 세계적으로 손꼽을 수 있을 정도로 높은 상황이다.